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  藥學系系館原座落於醫學院北側,臨近徐州路之一棟二層樓建築,建於日治時代。歷經三十多年,一批又一批學生出入此樸實之黌宮中,對於過去經歷之教室、實驗室、研究室以及藥用植物園,系館前人行道旁春夏間密滿綠葉之楓樹,師生都懷念不已。七十四年基礎醫學大樓籌建完成,本系於十一月遷入第十二樓及第十三樓,共約一千二百坪之新址。一○二年升格為藥學專業學院後,全院各單位皆進駐水森館,此大樓為傑出校友許照惠博士(第13屆)捐建,此外,藥物化學實驗室則進駐於公共衛生學院大樓9樓。
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